Früher stand an der Stelle eine hölzerne Feldkapelle, wo 1701 eine Klause errichtet und 1721 das jetzige Kirchlein erbaut wurde. An der Außenseite unter dem Chor sprudelt eine frische, klare Quelle hervor, die beim Volk als besonders heilkräftig gilt. 1738 wurde von dem Konsistorium in Regensburg das Kapitel der Klausner dahin verlegt, die notwendige Erweiterung vorgenommen und so zur schönsten Klause im Lande gemacht. Die Klausner, auch Eremiten oder Waldbrüder genannt, gehören zu den kirchlichen Ordensgenossenschaften und stammen ursprünglich aus Ägypten. Schon im 17. Jahrhundert finden wir eine größere Zahl von Eremiten, die verschiedenen Ordensgenossenschaften angegliedert waren. In den Diözesen Regensburg und Freising gehören fast alle Klausner der Kongregation an leben als Laienbrüder nach der Regel des hl. Franziskus. Ein beschauliches, dem Gebet und der Betrachtung geweihtes Leben führend, treiben sie nebenher ein Handwerk und pflegen ein Gärtchen. Besser Ausgebildete versehen auch den Organisten- und Mesnerdienst und geben den Kindern Unterricht. Nach den Aufschreibungen des Altvaters Fr. Georg Flurl gab es im Bistum Regensburg 1739 im ganzen 60 Klausner, von denen nur drei Schule hielten, 1747/48 waren an 65 Orten Klausner, darunter 14 Klausnerschulen, 1769 hielten von 70 Klausnern 17 Schule.
Am 12. Mai 1804 erfolgte durch allerhöchste Bestimmung die Auflösung. In dem Schreiben heißt es: "Zufolge der schon unterm 10. März 1802 der Spezial-Klosterkommission bekannt gegebenen Absicht wird nunmehr das Institut der Eremiten als ganz zwecklos unverzüglich aufgelöst. Die Eremiten haben den Habit abzulegen, die Priester der Kongregation können Weltpriester werden. Die Klausnergebäude werden eingezogen, wenn sie nicht Schul- und Mesnerhäuser sind. Jene Eremiten, welche als Schullehrer, Mesner und Organisten zu brauchen sind, sollen da, wo die Schul- und Mesnerstelle bisher vereint war, aus dem Aversum für die deutschen Schulen durch Regulierung eines verhältnismäßigen Schullehrergehaltes schadlos gehalten werden." Die Klause Frauenbrünnl wurde dem letzten Eremiten Emmeram Probst auf Lebensdauer zur Wohnung überlassen. Er starb an 26. Dezember 1821. Nach seinem Tode sollten Klause und Kirchlein von der Dorfgemeinde Peising 1823 abgebrochen werden, um das Material zu einem Schulhausbau zu benützen. Die Regierung hatte diese Anordnung getroffen, weil die Dorfgemeinde die darauf ruhenden Schulden, man sprach von 100 fl., nicht übernommen hatte. Ungern gingen die Peisinger daran, Klause und Kirche abzubrechen, denn sie waren ihnen sehr lieb gewesen. Sie hatten bereits Türen und Fenster der Klause ausgebrochen und die Stubenböden aufgerissen, da führte im Sommer 1823 der Zufall eine Gruppe Fremder vorbei, darunter die verwitwete Freifrau von Berchtolsheim. Die Arbeiter klagten ihr, daß sie auch die schöne Kirche abbrechen sollten. Die Baronin machte ihnen den Vorschlag, für die Gemeinde in den Kaufvertrag einzutreten, wenn die Arbeiter das bereits Weggeführte wieder zurückbringen würden. Die Gemeinde stimmte ihm freudigst zu und die Baronin ließ Kirche und Klause wieder schön herrichten. Ein rechtschaffenes, altes Ehepaar von Peising erhielt in der Klause unentgeltlich Wohnung unter der Bedingung beide zu betreuen. Durch Tausch ging die Klause in den Besitz der Freifrau von Hartwich über. Von dieser kaufte sie 1844 der Eremitennovize Emmeram Pausch aus Edldorf um 600 fl. und bewohnte sie bis 1858.
In den letzten Jahren führte er ein ungeordnetes Leben und geriet in Schulden, weshalb auf Antrag der Kirchenstiftungen Einmuß, Thaldorf und Untersaal das Bezirksgericht Landshut die Versteigerung der Klause auf den 28. März 1858 ansetzte. Hierbei erwarb die Eremitenverbindung des Bistums Regensburg, vertreten durch den Altvater Hilarion Wittmann, die Klause um 1.100 fl. und seither ist sie wieder als Kapitelhaus und Noviziat eingerichtet. Für gewöhnlich halten sich drei Einsiedler auf. In der oberen Stube befindet sich das einfache Lager des sel. Bischofs Wittmann. Wie P. Rupert Mittermüller in seinem Buche "Leben und Wirken des Bischofs Wittmann" erzählt, kam dieser edle Kirchenfürst 32 Jahre lang jeden Herbst auf 5-8 Tage nach Frauenbrünnl, um sich zu erholen und geistige Übungen abzuhalten. Das Kirchlein ist der schmerzhaften Muttergottesgeweiht.
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Zuletzt aktualisiert am 10.02.2017